Phường Mỹ Xuyên được thành lập vào ngày 12 tháng 1 năm 1984 trên cơ sở tách khóm 4, khóm 7 của phường Mỹ Long và một phần ấp Tây Khánh A của xã Mỹ Hòa.[1]

Ngày 12 tháng 4 năm 2005, Chính phủ ban hành Nghị định 52/2005/NĐ-CP[4]. Theo đó, thành lập phường Đông Xuyên trên cơ sở 89 ha diện tích tự nhiên và 10.149 người của phường Mỹ Xuyên.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, phường Mỹ Xuyên còn lại 62 ha diện tích tự nhiên và 16.368 người.